C’est en tant que pianiste qu’Alexis Duffaure s’engage dans la musique à l’âge de 5 ans. Passionné par la direction, il obtient en 2004 son diplôme de Direction de chœur avec félicitations du jury dans la classe d’Eliane Lavail au conservatoire de Bordeaux et son Diplôme Supérieur de Direction d’orchestre à l’École Normale de Musique de Paris dans la classe de Dominique Rouits.
Après avoir dirigé l’orchestre symphonique du Conservatoire de Bordeaux pendant deux ans, l'institution lui confie le Grand Chœur en 2009. Il gagne le Prix international de direction de chœur au Florilège Vocal de Tours avec « le Chœur Voyageur » qui obtient les trois Premiers prix du concours national, en mai 2009.
Alexis Duffaure possède en outre une Licence de musicologie, ses prix d’harmonie, de contrepoint et de fugue avec félicitations du jury et deux prix de la SACEM, ainsi que son DEM de percussion au Conservatoire de Bordeaux dans la classe de Jean-Daniel Lecocq.
Il enseigne au Conservatoire de Bordeaux et à l’Université de Musicologie de Bordeaux-Montaigne jusqu’en 2017.
À partir de 2009, l’Opéra National de Bordeaux lui confie chaque année des missions pédagogiques en tant que chef de chœur, et c’est en 2017 qu'il devient chef de chœur assistant auprès de Salvatore Caputo.
Il est actuellement Maître de Chapelle de la cathédrale de Bordeaux, et dirige également le Chœur Voyageur et les deux chœurs d’enfants de la Maîtrise de Bordeaux. En 2021, il crée une CHAM (classe à horaires aménagés) VOIX en partenariat avec la Maîtrise de Bordeaux.
En juin 2025, Pierre Hurmic, maire de Bordeaux lui décerne la médaille de la ville en témoignage de reconnaissance pour son engagement à faire vivre l’art lyrique à Bordeaux.
