Trois rencontres ont marqué la carrière de Bertrand Killy : Pierre Barrat, François Tanguy et Olivier Py. Avec Pierre Barrat, on peut citer notamment Le Grand Mystère de la Passion, Die Zauberflöte, Le Château de Barbe-Bleue, Racine / Qu’un corps défiguré, La Marche de Radetzky, etc.
Avec François Tanguy : Ricercar, La Bataille de Tagliamento, Choral, Chant du bouc et Fragments forains. Il travaille avec Olivier Py depuis 2000.
Au théâtre, mentionnons :
L'Apocalypse joyeuse, Le Soulier de satin, Les Vainqueurs, Les Illusions comiques, A cry from heaven, Les Contes de Grimm, Épître pour jeunes acteurs, Adagio, Orlando ou l'Impatience, Le Roi Lear.
À l'opéra, il collabore avec lui pour Les Contes d'Hoffmann, La Damnation de Faust, Tristan und Isolde, Tannhäuser, Der Freischütz, Lulu, Manon au Grand Théâtre de Genève, Le Vase de parfum à Nantes, Pelléas et Mélisande à Moscou et Amsterdam, Roméo et Juliette à Amsterdam et Copenhague, The Rake's Progress, Mathis der Maler, Alceste, Aida à Paris (ONP), Les Huguenots, Lohengrin, La Gioconda à Bruxelles, Hamlet, Der fliegende Holländer à Vienne. Jennie (Theater an der Wien), Curlew River (Festival d'Édimbourg), Carmen, Claude, La Juive à Lyon, La Force du destin à Cologne, Le Trouvère à Munich (Opernfestspiele et Staatsoper), Dialogues des Carmélites au Théâtre des Champs-Élysées, Ariane et Barbe-Bleue, Pénélope à Strasbourg, Le Prophète à Berlin, Macbeth, Lucia di Lammermoor à Bâle, La Traviata à Malmö, Wozzeck à Athènes, La Dame de pique à Nice.
Il signe également les lumières de mises en scène d'Ivan Alexandre (Orfeo) et, en collaboration avec le Palazzetto Bru Zane, de Pierre-André Weitz (Les Chevaliers de la Table ronde à Bordeaux, Nantes, Angers, Rennes et Venise, puis en tournée) et de Pierre Lebon (Le Docteur Miracle à Paris, Saint-Étienne et Tours).