Patrimoine français à partir de Louis XIV, le ballet porte en lui une histoire, une idéologie, une esthétique. Dès le XVIIIe siècle, la danse acquiert à Bordeaux une dimension prestigieuse et créative qui se poursuit au siècle romantique. Fidèle à ce passé tout au long de son existence, le Ballet de l’Opéra de Bordeaux, membre à part entière de l’Opéra National de Bordeaux, dirigé aujourd’hui par Marc Minkowski a su ouvrir son héritage classique à la modernité au contact de nombreux chorégraphes. Charles Jude, danseur étoile de l'Opéra de Paris, assure la direction du Ballet entre 1996 et juin 2017. Composé de près de 40 danseurs, le Ballet de l’Opéra National de Bordeaux défend avec son Directeur de la Danse Eric Quilleré et son Maître de ballet Eve Lawson, un répertoire classique en remontant les plus grands ballets dont certaines chorégraphies ont été signées par Charles Jude : Casse-Noisette (1997), Giselle (1998), Coppélia (1999), La Belle au bois dormant (2000), Le Lac des cygnes (2002), Le Prince de bois (2003), Don Quichotte (2006), Roméo et Juliette (2009) et fait entrer au répertoire de la compagnie de nombreuses œuvres célèbres classiques et néo-classiques : hommage à Marius Petipa (1997 et 2001 avec Raymonda, Paquita, Don Quichotte pas de deux...), Continuo et Jardin aux lilas d’Antony Tudor en 1999... Conscient du précieux héritage laissé par les Ballets de Serge de Diaghilev, Charles Jude inscrit ainsi au répertoire de la compagnie les ballets de Vaslav Nijinski : L’Après-midi d’un Faune (1996), de Michel Fokine : Petrouchka, Le Spectre de la rose (1998), ou encore de Léonide Massine : Le Tricorne, Parade (2003), Le Sacre du printemps (2007). Il poursuit ce travail avec les chorégraphies de Serge Lifar : Icare (1996, 2001, 2003, 2014) et Suite en blanc (2001, 2014) et de George Balanchine : Apollon et Le Fils prodigue (1996, 2003), Les Quatre Tempéraments (1997, 2002, 2012), et enfin Serenade, Who Cares ?, Sonatine (2004), Stravinski Violin Concerto (2011), Prélude à l’après-midi d’un Faune (2014).
Le Ballet propose chaque saison un nouveau programme comportant des chorégraphies néo-classiques ou issues de la Modern Dance ou encore de facture contemporaine, lui permettant d’aborder un autre travail : Les Quatre Saisons de Paolo Bortoluzzi (1997), Aunis de Jacques Garnier (1997), Troy Game de Robert North (1998, 1999), The Envelope (1998, 1999) et Brothers (1998) de David Parsons, Trois Préludes de Ben Stevenson (1998) et Before Nightfall (1998), Purcell Pieces (1999) de Nils Christe, Hydrogen Jukebox créé pour la compagnie par Carolyn Carlson (1999), Aureole et Le Sacre du printemps de Paul Taylor (2002), la Pavane du Maure de José Limon (2002), Sextet de Thierry Malandain (2003), Le Messie (2005), Carmina Burana et Chopin Número Uno (2011) et La Tempête de Mauricio Wainrot (2016), Adagietto d’Oscar Araiz, Zatoïchi de Carlotta Ikéda (2007),, Un Américain à Paris et Rhapsody in Blue (création) de Joey McKneely (2011), Pneuma (création) de Carolyn Carlson (mars 2014). Le Ballet initie la série Quatre tendances avec les (créations) Valse(s) de Thierry Malandain (2008), Temporary Condition de Vaclav Kunes et Tétris d’Anthony Egéa (2010), Il est de certain cœurs... d’Itzik Galili et Parfois une hirondelle de Claude Brumanchon (2013), Au-delà des grands espaces d’Hamid Ben Mahi (2015) et les chorégraphies de Claude Brumachon (Les Indomptés, Etreintes brisées), de Jirí Kilián (Click-Pause-Silence, Petite Mort), de William Forsythe (In the Middle, Somewhat Elevated), Angelin Preljocaj (Annonciation), d’Itzik Galili (The Sofa), de Felix Blaska (Tam-tam et percussion), de Carolyn Carlson (If to Leave is to Remember), d’Ohad Naharin (Minus 16) ou encore de Nicolas Le Riche (Sur la grève mars 2017)... Parallèlement, les représentations en tournée se développent : Japon, États-Unis, Espagne, Italie, Paris, Kiev, Lausanne, participation aux nombreux « Hommages à Rudolf Noureev » en 2003 (Bordeaux, Monaco, Tokyo, Moscou), Festival International de Edimbourg (2003), Festival du Printemps de Budapest (2004), Saint-Pétersbourg (Théâtre Mariinski), Festival de La Havane (2004), Festival Diaghilev aux Pays-Bas (2005), Italie et Sicile (mai 2005), au Théâtre du Liceu de Barcelone (2006), en Italie et en Espagne (2007, 2008), à Cremone, Ferrare et Pordemone en Italie (2009), en Espagne et à La Fenice de Venise (Coppélia 2010) et en Chine (gala et Casse-Noisette, 2012) et à Hong Kong (Quatre tendances, Dans les pas de Petipa juin 2012), Teatro romano de Verone (2014), Istanbul (2014 et 2015), Théâtre Mariinski de Saint-Pétersbourg (Pneuma oct. 2015), Théâtre National de Chaillot (Pneuma fév. 2016), Italie (mai 2017)... Le Ballet de l’Opéra National de Bordeaux a reçu le Prix Serge Lifar au Grand-Théâtre de Bordeaux en novembre 2001, et à nouveau en octobre 2014, ainsi que le Prix Herald Angels au Festival International d’Édimbourg et enfin le Prix du meilleur ballet étranger à Cuba.