François Auger fait ses études au conservatoire de Toulouse en danse contemporaine. Il y obtient son Diplôme d'études chorégraphiques. Dans le même temps, il commence à travailler dans diverses cabarets, compagnie de hip-hop et de danse russe. Il monte ensuite à Paris et complète son profil en se formant en chant, claquettes, portés acrobatiques et french cancan avec Laurence Fanon.
C'est ainsi qu'il se dirige vers le milieu de la comédie musicale, et qu'il joue dans certaines d'entre elles : Le Magicien d'Oz, Dirty Dancing à Paris ainsi qu'en tournée en France et Europe francophone. Plus récemment, il intègre en tant que comédien chanteur le spectacle des Folies Gruss pour leurs 50 ans à Paris, ainsi que les comédies musicales J'irai décrocher la Lune et La Folle histoire du Petit Chaperon Rouge (mise en scène Léon Chorégraphe).
Parallèlement, il travaille pour Laurence Fanon dans divers opéras, notamment La Veuve joyeuse à l'Opéra de Paris (doublure Valentin le désossé), de Marseille et Saint-Étienne et La Traviata au Théatre du Capitole de Toulouse et à Bordeaux ; ou encore dans Les Fêtes d'Hébé à l'Opéra-Comique et Ariodante au Palais Garnier mis en scène par Robert Carsen et chorégraphiés par Nicolas Paul.
En 2019, François Auger intègre la compagnie des Chicos Mambo de Philippe Lafeuille et joue depuis dans son spectacle Car/Men. En 2022, il rencontre l'artiste plasticienne et chorégraphique Eléonore Dugué et intègre la compagnie Fragments d'Elles avec laquelle il collabore et participe aux spectacles et performances.
