Récemment invité de prestigieux orchestres, tels que l’Orchestre du Mariinsky sous la direction de Valery Gergiev, ou l’Orchestre National de Bordeaux-Aquitaine sous la direction de Paul Daniel, le pianiste Jean-Baptiste Fonlupt a étudié au Conservatoire National Supérieur de Musique de Paris dans la classe de Bruno Rigutto et à la Hochschule Hanns Eisler de Berlin dans la classe de Michael Endres. Il a également reçu l’enseignement de Georges Pludermacher, de Yonty Solomon au Royal College of Music de Londres et d’Elisso Virssaladze au Conservatoire Tchaïkovsky de Moscou.
Les grandes salles de concert comme le Théâtre des Champs-Elysées, l’Auditorium de Bordeaux, le Beijing Forbidden City Concert Hall ainsi que de nombreuses salles en Chine, le Salamanca Hall au Japon, le Théâtre Mariinsky à Saint-Petersbourg, et le Simon Bolivar Concert Hall à Caracas l’ont accueilli. Il se produit régulièrement dans des grands festivals en France tels que le Festival Berlioz, Piano aux Jacobins, les Lisztomanias de Châteauroux, l’Esprit du Piano à Bordeaux, le Festival Chopin de Nohant, Piano en Valois, Liszt en Provence, Solistes à Bagatelle, et dans de nombreux pays comme l’Italie, la Belgique, l’Allemagne, les Etats-Unis, ou la Corée.
Sa discographie va des sonates de Carl Philipp Emanuel Bach aux pièces rares de Franz Liszt, auxquels s’ajoutent des enregistrements consacrés à Frédéric Chopin et Robert Schumann. Ses disques obtiennent les récompenses les plus élogieuses dans des magazines tels que Diapason, Classica ou Gramophone et sont régulièrement diffusés sur les ondes: « Quelle subtilité dans les clairs-obscurs et quelle intimité dans les épisodes recueillis ! Le trait n’est jamais forcé : la ferveur reste noble, sa subtile lenteur constamment habitée. » (Bertrand Boissard, Magazine Diapason). Son disque CPE Bach est élu « coup de cœur » par Philippe Cassard sur France Musique: « Ce disque est tout simplement fantastique. Le son, le phrasé, la délicatesse, le tact, l’élégance, tout y est. » Alain Cochard écrit dans Pianiste : « Sans une once d’effet, Fonlupt saisit par la puissance de son geste, la variété et la poésie de sa palette sonore, l’urgence de son propos et un sens de la grande arche simplement magistral. » Jérémie Bigorie dans Classica écrit au sujet de son disque consacré à la Fantaisie op.17 de Schumann et à la Sonate de Liszt : « Magistral mais chantant, son jeu empreint d’un grand lyrisme voit loin. Un égal bonheur dans la Sonate de Liszt, d’une impressionnante coulée organique, avec des fulgurances que peu de pianistes peuvent s’autoriser en concert. »
En musique de chambre, il joue à deux pianos avec Nicholas Angelich, et en duo, en trio, en quatuor, et en quintette avec des musiciens comme le violoniste Éric Lacrouts, le violoncelliste Marc Coppey, l’ensemble des Équilibres, le Quatuor des Dissonances.
Un documentaire pour la création en première mondiale de « Anamorphoses », pièce concertante pour piano et orchestre du compositeur Joseph-François Kremer, avec l’Orquesta Sinfónica Simón Bolívar sous la direction de Christian Vásquez, a été produit par la chaîne musicale Mezzo. Son intérêt pour la musique contemporaine l’amène par ailleurs à créer plusieurs pièces de la compositrice française Florentine Mulsant, dont 11 préludes et sa sonate pour violoncelle et piano.