Marco Goecke a suivi une formation de ballet à partir de 1988 à l'Académie de ballet de la Fondation Heinz-Bosl de Munich ainsi qu'au Conservatoire royal de La Haye, où il a obtenu son diplôme en 1995. Il a ensuite été engagé à au Staatsoper de Berlin et au Théâtre de Hagen. C'est dans ce théâtre que Goecke a créé sa première chorégraphie en 2000, intitulée Loch. Suivirent plusieurs chorégraphies pour la Société Noverre avec des danseurs du Stuttgarter Ballett et une invitation au New York Choreographic Institute. En juillet 2003, Goecke a remporté le Prix Dom Pérignon à Hambourg avec la pièce Blushing, dansée par le Stuttgarter Ballett. Dans les années qui ont suivi, il a reçu de nombreuses commandes pour des compagnies internationales telles que Les Ballets de Monte Carlo, le Ballet national de Norvège, le Pacific Northwest Ballet Seattle ou le Staatsballett de Berlin.
À partir de la saison 2005/2006, Marco Goecke a été nommé chorégraphe attitré du Stuttgarter Ballett et y a créé en décembre 2006 son premier ballet, Casse-Noisette, qui a ensuite fait l'objet d'une adaptation cinématographique pour la chaîne ZDFtheaterkanal. De 2006 à 2012, Goecke a également occupé le poste de chorégraphe attitré du Scapino Ballet Rotterdam. À partir de la saison 2013/2014, il est devenu chorégraphe associé du prestigieux Nederlands Dans Theater.
Parmi les quatre-vingt-dix œuvres que Goecke a créées en l'espace de quelques années, beaucoup sont également étudiées par des compagnies pour lesquelles elles n'ont pas été créées à l'origine, par exemple à Tel Aviv, à Sao Paulo, par Les Grands Ballets Canadiens de Montréal, par le Canadian National Ballet, le Ballett-Theater München, le Finnish National Ballet Helsinki, le Stanislawsky Theater Moskau, le Ballett Zürich, par le Deutsche Oper am Rhein Düsseldorf et par le Wiener Staatsoper.
Goecke a reçu plusieurs prix internationaux, dont le prix culturel du Land de Bade-Wurtemberg en 2005, le Nijinsky Award Monte Carlo en 2006, le prix du chorégraphe de l'année dans le sondage des critiques du magazine Tanz en 2015, le prix néerlandais de la danse Zwaan en 2017, ainsi que le prix italien Danzadanza pour la meilleure chorégraphie de l'année. L'œuvre longue durée Nijinski, ainsi récompensée, qu'il a créée en 2016 pour Gauthier Dance à Stuttgart, est depuis présentée avec grand succès en tournées dans le monde entier. En 2018, il a été nominé pour le Prix Benois avec sa pièce Wir sagen uns Dunkles, créée à NDT, et a également créé le spectacle La Strada, d'après le film de Fellini. Le livre Dark matter (Königshausen & Neumann, Würzburg), paru en 2016, offre un aperçu de son œuvre.
Depuis janvier 2019, il est associé à Gauthier Dance en tant qu'artiste en résidence, et depuis la saison 2019/20, il assure en outre la direction du Staatsballett Hannover.
Parmi ses récents succès figurent une soirée Gershwin créée pour Gauthier Dance, la pièce complète Der Liebhaber d'après le roman éponyme de Marguerite Duras pour le Staatsballett Hannover, The Big Crying pour le Nederlands Dans Theater et Sweet Bones' Melody pour le Bayerische Staatsballett. Actuellement, Marco Goecke travaille sur une création pour le Staatsballett Hanover.
