Née dans la ville tchèque de Brno, Magdalena Kožená a étudié le chant et le piano au conservatoire de Brno et avec Eva Bláhová à l'Académie des arts du spectacle de Bratislava. Lauréate de plusieurs prix importants en République tchèque et dans le monde, Magdalena s'est fait connaître lors du sixième concours international Mozart de Salzbourg, qu'elle a remporté en 1995.
Magdalena a signée comme artiste exclusive Deutsche Grammophon en 1999 et a immédiatement sorti son premier album d'airs de Bach sur le label Archiv. S’ensuit son premier enregistrement en récital, un album de mélodies de Dvořák, Janáček et Martinů, qui paraît sur le label de Deutsche Grammophon en 2001 - la même année, elle est récompensée par le Gramophone's Solo Vocal Award. Elle est nommée artiste de l'année par Gramophone en 2004 et a depuis reçu de nombreux autres prix prestigieux, notamment l'Echo Klassik, le Record Academy Prize Tokyo et le Diapason d'or. En 2017, Magdalena a noué une relation sur le long terme avec le label néerlandais de musique classique Pentatone et a sorti en mai 2019 son premier album pour le label, Il Giardino dei sospiri, qui présente une collection de scènes de cantates profanes sur l'amour tragique, de Haendel, Leo et Marcello, accompagnées par le claveciniste Václav Luks et l'orchestre baroque tchèque Collegium 1704. Son deuxième album Soirée - Magdalena Kožená & Friends est un enregistrement de musique de chambre intime, qui résume l'essence de la musique informelle et domestique. Son dernier enregistrement Nostalgia, réalisé en collaboration avec Yefim Bronfman, est sorti en août 2021.
Au cours de son illustre carrière, Magdalena a travaillé avec les plus grands chefs d'orchestre du monde, notamment Claudio Abbado, Pierre Boulez, Gustavo Dudamel, Sir John Eliot Gardiner, Bernard Haitink, Nikolaus Harnoncourt, Mariss Jansons, Sir Charles Mackerras et Sir Roger Norrington. Sa liste de partenaires de récital distingués comprend les pianistes Daniel Barenboim, Yefim Bronfman, Malcolm Martineau, András Schiff et Mitsuko Uchida, avec lesquels elle s'est produite dans des lieux aussi prestigieux que le Carnegie Hall, le Wigmore Hall, le Alice Tully Hall, le Concertgebouw d'Amsterdam et les festivals d'Aldeburgh, d'Edimbourg et de Salzbourg.
La compréhension de Magdalena des pratiques d'interprétation historiques a été cultivée en collaboration avec de remarquables ensembles d'instruments d'époque, dont l'Orchestre baroque de Venise, l'Orchestre du Siècle des Lumières, Il Giardino Armonico, Les Musiciens du Louvre, La Cetra Barockorchester Basel et Le Concert d'Astrée. Elle est également très demandée comme soliste par les orchestres philharmoniques de Berlin, Vienne et de la République tchèque, ainsi que par les orchestres de Cleveland, Philadelphie et le Royal Concertgebouw.
À l'opéra, Magdalena a fait ses débuts au Festival de Salzbourg dans le rôle de Zerlina (Don Giovanni) en 2002 et est revenue en 2013 dans le rôle d'Idamante - un rôle qu'elle a également chanté au Festival de Glyndebourne, à Berlin et à Lucerne. Sa première apparition au Metropolitan Opera de New York a eu lieu en 2003 dans le rôle de Cherubino (Le nozze di Figaro) et elle a depuis été une invitée régulière, incluant entre autres le rôle-titre dans la production de Jonathan Miller de Pelléas et Mélisande de Debussy en 2010/11 et plus récemment Octavian (Der Rosenkavalier) dans la saison 2019/20. Le rôle d'Octavian a également conduit Magdalena au Staatsoper Berlin 2009 et au Osterfestspiele Baden Baden 2015, tandis que d'autres temps forts de l'opéra incluent le rôle-titre dans Carmen de Bizet (Osterfestspiele et Sommerfestspiele Salzburg 2012), Médée de Charpentier (Theater Basel 2015), Juliette de Martinů (Staatsoper Berlin 2016) et la serveuse dans le nouvel opéra Innocence de Kaija Saariaho au Festival d'Aix en Provence (2021).
Ces dernières années, Magdalena a développé une série de projets qui ont fait l'objet de nombreuses tournées en Europe et en Asie, mettant en valeur son talent artistique et sa diversité. Mélange éclectique d'univers sonores et d'influences, les projets de Magdalena comprennent des concerts avec l'ensemble de jazz tchèque The Melody Makers, qui interprète Cole Porter et d'autres numéros authentiques de swing et de big band des années 1930 et 1940 ; des spectacles semi-scéniques sur la musique de Claudio Monteverdi et Luciano Berio, mis en scène par Ondrej Havelka ; et des spectacles avec l'ensemble baroque espagnol Private Musicke et l'expert en flamenco Antonio El Pipa avec sa Compañía de Flamenco. En tournée, ils entrelacent les racines du flamenco brut avec la musique de l'ère baroque espagnole et se sont produits dans des lieux tels que l'Elbphilharmonie de Hambourg et le foyer du flamenco : Madrid et Barcelone. Au cours de la saison 2021/22, Magdalena fait revivre son projet Cole Porter avec des représentations à Bratislava, Kosice, Plzeň, Prague et Ostrava.
Les engagements de Magdalena au cours de la saison 2021/22 comprennent des concerts de Where are you d'Ondřej Adámek, avec l'Orchestre symphonique de Londres, en tournée au Festival de Bucarest, au Barbican Centre London, au KKL Lucerne, à la Philharmonie Luxembourg, au Konzerthaus Dortmund et au Koningin Elisabethzaal Antwerp. Elle a collaboré avec le Symphonieorchester des Bayerischen Rundfunks pour des concerts de la Passion selon saint Matthieu de Bach, a retrouvé ses amis de La Cetra Barockorchester Basel pour des concerts de La concordia de’ pianeti de Caldara à Vienne et Bucarest, et de La Merope de Giacomelli à Bâle et Amsterdam, et attend avec impatience de retrouver le London Symphony Orchestra pour des représentations des Sept péchés capitaux de Kurt Weill. Réputée pour son interprétation de Das Lied von der Erde de Mahler, Magdalena revisite l'œuvre avec le London Philharmonic Orchestra et en tournée avec le Chamber Orchestra of Europe et l'Orchestre des Champs-Élysées.
En récital, Magdalena s'associe à Ohad Ben-Ari lors de représentations en Europe, notamment au Wigmore Hall, à la Monnaie de Bruxelles, au Musikverein de Vienne et à l'Auditorium de Bordeaux. Plus tard dans la saison, le duo partira en tournée en Asie pour des concerts en Corée du Sud et au Vietnam. À l'opéra, Magdalena reprend le rôle de Phèdre dans Hippolyte et Aricie de Rameau au Staatsoper de Berlin sous la direction de Sir Simon Rattle.
Magdalena a été nommée Chevalier de l'Ordre des Arts et des Lettres par le gouvernement français en 2003 pour ses services à la musique française.
