Sidi Larbi Cherkaoui a débuté comme chorégraphe en 1999 dans Anonymous Society, une comédie musicale contemporaine d’Andrew Wale. Depuis lors, il a signé de nombreuses chorégraphies, qui lui ont valu une série de prix parmi lesquels le Fringe First Award et le Total Theatre Award à Édimbourg, le Barclay Theatre Award à Londres, le Special Prize au BITEF Festival de Belgrade, le prix Nijinski du ‘chorégraphe prometteur’ à Monte-Carlo, le Movimentos Award à Wolfsburg, le Helpmann Award en Australie. En 2008 et 2011, le magazine Tanz le proclame ‘chorégraphe de l’année’. En 2009, la fondation Alfred Toepfer lui attribue le Kairos Prize pour sa vision artistique et sa recherche d’un dialogue culturel ; il reçoit aussi le titre de ‘meilleur chorégraphe’ au National Dance Awards et celui de ‘meilleure production de l’année’ par le magazine Tanz pour Sutra. En 2011 un Giraldillo Award lui est attribué pour Dunas, un Benois de la danse et deux Laurence Olivier Awards pour Babel(words) et il est proclamé ‘jeune artiste pour le dialogue interculturel entre les mondes arabe et occidental’ par Unesco.
Sidi Larbi Cherkaoui a réalisé ses premières chorégraphies en tant que membre du collectif Les Ballets C. de la B. – Rien de rien (2000), Foi (2003), Tempus Fugit (2004). Parallèlement, il a collaboré à divers projets : Ook (2000) avec le chorégraphe Nienke Reehorst au Theater Stap à Turnhout ; d’avant (2002) avec Damien Jalet et la compagnie Sasha Waltz & Guests ; zero degrees (2005) avec Akram Khan. Sidi Larbi Cherkaoui a travaillé pour de nombreux théâtres, opéras et compagnies de danse, allant des Ballets de Monte-Carlo (In memoriam, 2004 et Mea culpa, 2006), au Sadler’s Wells à Londres (Sutra, 2008), en passant par le Grand Théâtre de Genève (Loin, 2005), les Ballets Cullberg de Stockholm (End, 2006), le Royal Danish Ballet (L’Homme de bois, 2007) et la Monnaie (Apocrifu, 2007). À la Monnaie, il a également assuré la chorégraphie de la création de l’opéra House of the Sleeping Beauties de Kris Defoort. De 2006 jusqu'à 2009, il est artiste en résidence au Toneelhuis où il a créé les productions Myth (2007) et Origine (2008). Depuis 2008, il est également artiste associé du Sadler’s Wells de Londres.
En 2009, il a créé sa première commande américaine, Orbo Novo, pour le Cedar Lake Contemporary Ballet à New York, ainsi que plusieurs duos, Faun au Sadler’s Wells et Dunas pour Creaciones Artisticas Dunas. Pour Dunas, il a reçu le Prix Giraldillo du meilleur spectacle à la Biennale de Flamenco de Séville en 2011 et le National Dance Award pour une performance exceptionnelle homme (moderne) en 2012.
2010 marqua le lancement de sa nouvelle compagnie, Eastman, en résidence au Campus des Arts International deSingel à Anvers. Il réalise la chorégraphie de Das Reingold (Wagner) dans une mise en scène de Guy Cassiers à la Scala de Milan et un nouveau duo Play avec Shantala Shivalingappa. Avec Damien Jalet et Antony Gormley il crée Babel(words), la partie finale du triptyque qu’il a commencé avec Foi et Myth. Babel(words) à triomphé au 2011 Laurence Olivier Awards, en remportant le prix pour la meilleure production de danse et le prix pour la réalisation exceptionnelle en danse pour la scénographie par Antony Gormley.
En 2011 Sidi Larbi Cherkaoui a assuré la chorégraphie Labyrinth pour le ballet National de Hollande. La meme année, il crée TeZukA, une pièce pour 15 danseurs et musiciens sur l’oeuvre du maître de manga japonais Osamu Tezuka. A la fin de l'année, il a chorégraphié Constellation, un solo de 16 minutes pour Rising, un spectacle composite exécuté par le danseur de Kathak Aakash Odedra.
En 2012, il crée Puz/zle avec 11 danseurs et les chanteurs corses d’A Filetta, la chanteuse libanaise Fadia Tomb El-Hage et le musicien japonais Kazunari Abe. Il a également assuré la chorégraphie d'Anna Karénine, le film de Joe Wright avec Keira Knightley et Jude Law.
Au printemps 2013 Cherkaoui a créé 4D pour Eastman, Boléro (en collaboration avec Damien Jalet et Marina Abramovic) pour le Ballet de l'Opera de Paris, et m¡longa, un spectacle de tango, pour Sadler's Wells. Fin 2013 a eu lieu à Pékin la première de 生长genesis, la nouvelle production d'Eastman.
En Janvier 2015 a lieu la première de Pluto à Tokyo, ou il met en scène une nouvelle adaptation au théâtre du manga d’ Urasawa, produite par le Bunkamura. Il continue en Allemagne avec la chorégraphie de l’Oiseau de Feu de Stravinsky pour les Ballets de Stuttgart. En aout dernier, Sidi Larbi Cherkaoui assure la chorégraphie du mouvement pour Hamlet, mis en scène par Lynsdey Turner à Londres avec la participation de Benedict Cumberbatch. La première de sa dernière production, Fractus V, une pièce sur la rupture naturelle nécessaire pour grandir et devenir plus fort, a lieu en septembre 2015 à Anvers et le spectacle est actuellement en tournée internationale.
Sidi Larbi Cherkaoui a été récemment nommé directeur artistique du Ballet Royal de Flandres, fonction qu’il associe à la direction artistique de sa compagnie Eastman.